Аймерген Сергеевич Аткунов родился 14 апреля 1989 года в селе Онгудай Онгудайского района Горно-Алтайской АО Алтайского края, ныне Республика Алтай. Окончил Горно-Алтайскую школу № 12. Его отец Сергей Юрьевич в настоящее время является старшим тренером СДЮШОР, заслуженный работник физической культуры и спорта РФ, судья международной категории экстра-класса, заслуженный тренер Республики Алтай. Мама Людмила Санаевна работает главным бухгалтером Республиканского кожно-венерологического диспансера. Есть у Аймергена брат Владимир и сестра Айана. Вместе с супругой Любовью воспитывает сына Айлана.