Иван родился в Казахстане, там же начал заниматься дзюдо. Когда Ивану было 9 лет, его родители переехали в Барнаул, где Нифонтов продолжил занятия дзюдо и посещал гимназию № 40. Тренировался у Игоря Вотякова и бронзового призёра Олимпиады-1992 Дмитрия Сергеева.
Весомый вклад в успехи Ивана внёс и главный тренер сборной России олимпийский чемпион-1980 итальянец Эцио Гамба.
В 2009 году выиграл чемпионат Европы в Тбилиси. На чемпионате мира 2009 года в Роттердаме стал единственным россиянином, выигравшим золотую медаль. Выступает за Рязань и Барнаул. С 2005 года служит в органах внутренних дел. В 2010 году был признан рязанцами победителем муниципальной акции «Люди года — люди города 2009».
В настоящее время живёт, тренируется и работает в Рязани. На Олимпийских играх 2012 года в Лондоне завоевал бронзовую медаль в весовой категории до 81 кг, обыграв японца Такахиро Накаи. Проиграл за выход в финал корейцу Ким Джэ Бому, который впоследствии стал чемпионом в этой весовой категории. 26 мая 2013 года стал победителем престижного турнира World Masters, который проходил в Тюмени.
На чемпионате мира 2014 года в Челябинске стал бронзовым призёром в категории до 81 кг. В 4-м круге проиграл французу Лоику Пьетри, но затем победил бразильца Виктора Пеналбера и другого француза Алена Шмитта.
Государственные награды: Медаль ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени (13 августа 2012 года) — за большой вклад в развитие физической культуры и спорта, высокие спортивные достижения на Играх XXX Олимпиады 2012 года в городе Лондоне (Великобритания).
