Айдын родился в Казахстане, где и начал заниматься дзюдо. После нескольких неудачных попыток пробиться в основной состав сборной в весе до 60 кг принял решение сменить гражданство. С 1999 года Смагулов стал выступать за сборную Киргизии. И уже в мае 2000 года была завоёвана первая медаль. На чемпионате Азии в Осаке Смагулов выиграл серебряную медаль. На Олимпийских играх в Сиднее Смагулов уступил уже во втором раунде кубинцу Маноло Пулоту. Но поскольку тот вышел в полуфинал турнира, Айдыну выпало право участвовать в утешительном турнире за бронзовую медаль. Смагулов провёл его очень уверенно и выиграл 4 схватки, три из которых закончились иппоном. Эта бронзовая медаль стала первой Олимпийской наградой в истории Киргизии.
С 2001 года Айдын принял решение снова выступать за сборную Казахстана, но серьёзных достижений в его карьере больше не было. В большинстве случаев Смагулову даже не удавалось попасть в первый состав сборной. Какое-то время Айдын выступал в категории до 66 кг.
18 января 2018 года Смагулов Айдын был назначен главным тренером мужской сборной команды Казахстана по дзюдо.
