Начинал свою трудовую деятельность в должности преподавателя кафедры, затем в должности ст. преподавателя, несколько лет был заместителем декана ф-та ТгВ по физическому воспитанию и руководителем отделения борьбы. Бессменный руководитель курса спортивного совершенствования по самбо.
В период с декабря 1986 года по июль 1992 года являлся Государственным тренером Госкомспорта СССР и Главным тренером сборной команды СССР по самбо.
Под руководством Никишкина В.А. сборная команда СССР четырежды становилась чемпионами мира, дважды – Европы и трижды завоевывала Кубок мира. За подготовку сборной команды СССР по самбо и успешные выступления в чемпионатах мира и Европы ему были присвоены звания ЗТ СССР и ЗТ РСФСР.
С 1988 года по 1992 год возглавлял тренерский совет международной Федерации самбо ФИАС.
За время работы в МГСУ Никишкиным В.А. было подготовлено более 25 мастеров спорта СССР и России, чемпион и серебряный призер чемпионата мира по самбо среди студентов, бронзовый призер Всемирных игр среди полицейских по дзюдо, победители и призеры чемпионатов России по самбо среди студентов.
Никишкин В.А. имеет более 35 публикаций, является одним из авторов учебника «Физическая культура» для студентов технических вузов(2000г.), под его редакцией и профессора Филимоновой С.И. выпущен еще один учебник по физическому воспитанию для строительных Вузов (2005 г.), член Ученого Совета Университета и ИФО, председатель секции физического воспитания АСВ России.
