В 1966 году окончил с серебряной медалью уфимскую среднюю школу №11.
В молодости занимался спортом, был чемпионом Башкирской АССР по борьбе самбо. В 1971 году окончил Уфимский авиационный институт (ныне Уфимский государственный авиационный технический университет). По окончании вуза был распределен на работу в Башкирский государственный университет (БГУ), где и работает по настоящее время. Учился в аспирантуре, в 1982 году защитил кандидатскую диссертацию.
В 2010 году защитил докторскую диссертацию на тему: «Обоснование технологических процессов и разработка технических средств восстановления автотракторных деталей электроконтактной наплавкой». Получил учёную степень доктора технических наук. Профессор Башкирского государственного университета.
В 2012–2015 годах занимал должность заведующего кафедрой теоретической и прикладной механики. Область научных интересов: пайка, сварка металлов, восстановление изношенных деталей машин и оборудования наплавкой. С участием Марата Закиевича Нафикова в университете были разработаны технологические процессы и установки, внедренные на предприятиях агросервиса РБ. Марат Закиевич Нафиков имеет 35 изобретений, является автором около 170 научных работ.
Под его руководством в университете были подготовлены и защищены три кандидатские диссертации (И. И. Загиров и А. А. Зайнуллин и др.). Награды и звания: Знак «Изобретатель СССР». Труды: Нафиков М. З. Параметры электроконтактной наплавки Текст. / М. З. Нафиков // Технология металлов. 2005. №7. С. 29-31. Нафиков М. З. Влияние износа ролика-электрода на качество сварного соединения при электроконтактной наплавке Текст. / М. З. Нафиков, И. И. Загиров // Ремонт, модернизация, восстановление. 2006. №5. С. 30-31. Нафиков М. З. Разборные образцы для исследования электроконтактной наплавки. / М. З. Нафиков, И. И. Загаров, Р. Н. Сайфуллин // Ремонт, восстановление, модернизация. 2008. №5. С. 41. Нафиков М. З. Формирование сплошного металлопокрытия при электроконтактной наплавке валов. / М. З. Нафиков // Упрочняющие технологии и покрытия. 2006. №9. С. 24-29. Нафиков М. З. Электроконтактная наплавка эффективный способ восстановления валов. / М. З. Нафиков // Упрочняющие технологии и покрытия. 2007. №11. С. 21-24. Нафиков М. З. Защита шпоночных пазов при восстановлении изношенных валов Текст. / М. З. Нафиков, Н. С. Юдин // Механизация и электрификация сельского хозяйства. 1990. №4. С. 52.
