В 1984 году окончил среднюю школу, после окончания которой поступил в Армавирский государственный педагогический институт на индустриально-педагогический факультет.
В 2003 году окончил юридический факультет Адыгейского государственного университета. Защитил кандидатскую диссертацию по теме «Системный маркетинговый инструментарий на российском сегменте рынка тренерских спортивно-оздоровительных услуг». Индивидуальный предприниматель, президент производственно-торгового объединения «Бакар», директор ООО «Олимп-2000».
С детства увлекался спортом: спортивной гимнастикой, баскетболом, самбо и дзюдо. Его тренером был Рудольф Мкртичевич Бабоян. В 17 лет стал мастером спорта.
Является многократным чемпионом и призёром чемпионатов СССР и России по самбо и дзюдо, чемпионом Европы и мира. С 1997 года является тренером Армавирской краевой СДЮШОР по борьбе самбо и дзюдо.
В Армавире с 2004 года проводятся ежегодные международные турниры на призы А. Ю. Маркарьяна.
24 февраля 2005 года Ашоту Маркарьяну присвоено звание «Почётный гражданин Армавира».
